Γίγαντες με κεφαλοτύρι

Μουσκεύουμε τους γίγαντες σε άφθονο κρύο νερό για 1 βράδυ. Την επομένη τους στραγγίζουμε, τους βάζουμε σε μια μεγάλη κατσαρόλα με 1.300 ml κρύο νερό και τους βάζουμε να πάρουν βράση. Τότε χαμηλώνουμε τη φωτιά και σιγοβράζουμε για 1 ώρα.
Ζεσταίνουμε το μισό από το μετρημένο ελαιόλαδο σε ένα μεγάλο τηγάνι σε μέτρια φωτιά και σοτάρουμε τα κρεμμύδια, ανακατεύοντας ώσπου να μαλακώσουν, για 7-8 λεπτά. Ρίχνουμε την ντομάτα μαζί με 1 φλιτζάνι νερό και μαγειρεύουμε για 10 λεπτά.
Προθερμαίνουμε τον φούρνο στους 180° C.
Στραγγίζουμε τα φασόλια και κρατάμε τον ζωμό. Τα βάζουμε σε μια γάστρα, ρίχνουμε μέσα το υπόλοιπο λάδι, το μείγμα ντομάτας, το θυμάρι και τα ανακατεύουμε απαλά. Προσθέτουμε από τον ζωμό των φασολιών που έχουμε κρατήσει για να τα καλύψουμε και σκεπάζουμε τη γάστρα με το καπάκι της. Ψήνουμε τα φασόλια στον φούρνο για 1 ώρα, ελέγχοντας το υγρό και προσθέτοντας κι άλλο αν χρειάζεται, για να υπάρχει αρκετή σάλτσα, χωρίς όμως να γίνουν σούπα. Μετά ξεσκεπάζουμε και ρίχνουμε αλάτι, φρεσκοτριμμένο πιπέρι, το κρασί, το κεφαλοτύρι και συνεχίζουμε το ψήσιμο για 30 λεπτά ακόμα, μέχρι τα φασόλια να μαλακώσουν πολύ και να χυλώσουν. Βγάζουμε το ταψί από τον φούρνο και τα σερβίρουμε ζεστά ή σε θερμοκρασία δωματίου.